當VC籌集資金后，通常通過兩種渠道獲得收入。第一是傭金，通常是收益的20%，稱作附帶權益（carriedinterest）。第二是年費，這是一筆固定收益，用于維持基金的運作，通常是收取該風險投資公司所掌管的資本的2%–2.5%，當基金的生命周期結束時就不再收取這筆費用了。
多數人不知，這筆年費會被轉移給另一個法人實體，稱作管理公司（managementcompany）。管理公司負責支付各種開銷（比如薪酬，租金和差旅費等等），聘用解聘員工，同時還擁有決策權。
除去開支，剩下的就是管理公司的利潤。然后這些利潤就會分配給那些擁有決策權的人，通常就是合伙人。合伙人的人數極少，可能就是創建基金的那一兩個。此外還有一點，一般有一個人對管理公司具有表決控制權，是真正的“首席合伙人”，他也通常是這個基金的代表人物。
管理公司的財務狀況一直都是高度保密的，僅僅一小部分合伙人能窺知一二。
另外，管理公司的存在也有其復雜性。其中一點便是未經首席合伙人同意，他本人不能被解聘，但是其他合伙人卻可以（包括表現良好的合伙人）。所以一般合伙人與基金都是自由雇傭關系。換言之，合伙人可能隨時離職。
與一般的公司相比，VC具有獨特的盈利方式和組織結構。加之如今VC集資并非易事，創業者便更容易受到這種結構的影響。
首先，當一家公司不能籌集更多資金時，它便不能發起新的投資。所以創業者必須了解VC的資金情況。比如了解下他們的VC已經用掉了多少資金，對當前的投資又預留了多少儲備資金。
其次，新基金的匱乏會使初創公司的成長復雜化。例如從VC空降來的董事會成員突然離職。這并非空穴來風。比如說，當舊的基金到期后，公司又沒有籌集到新的基金，那么收取的年費就相應地減少了。這時首席合伙人便會想削減開支，最有效的手段便是裁掉合伙人。另一種情況便是由于首席合伙人具有絕對權威，其他合伙人認為調整管理公司無望，便會選擇離職自立門戶。因此來自VC的支持者突然離職不是不可能，創業者應有所準備，像是在競爭中脫穎而出或者和其他合伙人，尤其是首席合伙人維持良好關系都能在一定程度上消減這些影響。
如今的VC各有各的風格。首席合伙人也可能下放權力，這樣每個合伙人對一項投資便都有發言權。不過創業者還是得清楚誰是首席合伙人，以及其他人有多少權力。了解這些情況的最好途徑就是咨詢其他和這家VC合作過的創業者。不過應該有80%的風險投資公司有集體決策的程序。
必須指出的是，這種所有權結構也在其他類別的基金中通行，比如杠桿收購基金和對沖基金等等。這套結構也是VC創始人的法律顧問所建議的，因此他們還沒有創造出一種新的Cye結構。
不過總有些人在尋求變化，比如說VCKepha Cye已開始嘗試簡化這個系統。當Jo創立Kepha后，他并沒有給管理公司附加一個價值，當另一個合伙人Eric加入后，便免費分配給他一半股份，現在他們是同等的合伙人和所有人，享有同等的附帶權益、管理公司利潤分配和決策權。
如此設計的原因有二。其一，Kepha的一條準則就是把創業者當成客戶。因此它必須組建最好的團隊來服務客戶，對優秀的團隊當然得給予豐厚的回報。其二，早期的投資需要團隊協作。由于能分享投資成果，每個成員都將渴望每一家被投資的公司都能取得成功，所以這些公司便會得到來自整個團隊的幫助。
我們不能說Kepha已經形成了一個完美的系統，這還有待時間來檢驗。不過在利益分配上的創新使得他們的團隊可以齊心協力地幫助被投資人，也開始塑造Kepha的公司文化。
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